A origem mais remota da formação diaconal de nossa Arquidiocese se deve ao Eminentíssimo Cardeal Dom Eugênio de Araújo Salles quando, em sua gestão pastoral, nomeou Dom Narbal da Costa Stencel, Bispo animador do Diacontato Permanente; este, por sua vez, encarregou o então Pe. Dr. Edson de Castro Homem como Diretor de Formação.

Em 27 de Dezembro de 2003, a organização estrutural e didático-pedagógica da Escola Diaconal Santo Efrem foi inaugurada pelo Cardeal Dom Eusébio Oscar Scheid que nomeou, como primeiro Diretor, Pe. Pedro Nunes de Almeida que, em Fevereiro de 2005, foi substituído pelo atual Diretor, Pe. Claudio Jacinto da Silva.